「業務の標準化」をして効率化するということは、ペイロールの運用ルールに合わせなければいけないということですか？

効率化と品質担保のため、ペイロールへご委託いただいているお客様同士で共通する業務（年末調整などの法定業務）についてはペイロールの標準フローをご利用いただくことを推奨しています。
規程やワークフロー等の、お客様固有要件を変更しなければならない、という意味合いではありませんのでご安心ください。